Die aufschlussreichste Quelle für Jonas Breitensteins seelsorgerische Tätigkeit in Binningen/Bottmingen ist der Bericht in den ‹Acta Ecclesiae Margarethanae› für die Jahre 1852 bis 1856. Zudem liefert das Referat ‹Die Seelsorge von Gemüths- und Geisteskranken› von 1864 einen tiefen Blick in die Möglichkeiten und Grenzen seiner seelsorgerischen Tätigkeit in dieser Pfarrgemeinde.
Jonas Breitenstein sah sich 24-jährig vor die schwierige Aufgabe gestellt, in zwei ärmlichen Bauerngemeinden mit einer wachsenden Anzahl zugezogener Taglöhner und Industriearbeiter einen geregelten Pfarrbetrieb sicherzustellen. Das Armutsproblem einer Vorortsgemeinde beschäftigte Breitenstein von Anfang an, doch musste er zuerst lernen, echte Bedürftige von Betrügern zu unterscheiden. Eng verquickt mit der Seelsorge war seine fürsorgerische Tätigkeit. Beide Aufgaben forderten neben der Sorge um seine stetig wachsende Familie seine ganze Energie und zehrten an seinen Kräften, sodass er schliesslich nach 18-jähriger Tätigkeit als Einzelpfarrer der evangelisch-reformierten Kirchgemeinde Binningen/Bottmingen zurücktrat, um in Basel im Hinblick auf die Versorgung seiner Familie eine besser dotierte Stelle anzunehmen. Im Nachlass sind einige wenige Predigten erhalten, die noch nicht transkribiert sind.
Einige Ausschnitte aus den beiden erwähnten Schriften verdeutlichen die für die damalige Zeit typischen Erscheinungen im Bereich der ländlichen Seelsorge.